Fondato come convento maschile dei Benedettini nel 978 da Willa, madre di Ugo di Toscana (patrono della Badia e lì sepolto) che lo aveva dotato di fattorie e case, era il più antico di Firenze. Del primo edificio della chiesa preromanica che poggiava sulle prime mura della città non è rimasto quasi niente. Per secoli la Badia fu il centro religioso di Firenze e, come ricorda Dante, il campanile della Badia scandiva l’ora di inizio e di fine del lavoro dei fiorentini. Nel 1285 fu deciso di rifare la Badia e Arnolfo di Cambio ne fu l’architetto. Fu orientata verso est e l’ingresso dava su una strada che ora non esiste più. Qui, nella “nuova” Badia il Boccaccio commendò pubblicamente la Commedia di Dante e Giotto fece i suoi primi dipinti, purtroppo andati perduti.
Nel 1627 fu operata una ristrutturazione interna e la chiesa venne ruotata di 90 gradi.
L’interno della chiesa è ricco di opere d’arte. L’ingresso principale è su Via del Proconsolo, ma se si entra dall’entrata secondaria di Via Dante Alighieri si ha una stupenda immagine del campanile del 1300, una costruzione alta e slanciata con una fine cuspide che tutt’oggi svetta sul panorama della città.